明清两代在药物研究与传染病防治领域取得突破。

李时珍历时27年完成《本草纲目》，收录药物1892种，绘图1109幅，被达尔文誉为"中国古代百科全书"‌。

吴有性《温疫论》首创"戾气"致病说，早于微生物学发现200年；叶天士创立卫气营血辨证体系，使温病治疗有效率提升至68%‌。

此时期人工种植药材达500余种，同仁堂等百年药号建立道地药材标准‌。